Com o elevado índice de chuvas em todo o Estado do Rio Grande do Sul, também é comum o aparecimento de doenças fúngicas. Já foram detectados casos com o surgimento da Ferrugem Asiática. Nessa situação, os associados devem procurar imediatamente o Departamento Agrotécnico da Cotrijui. Em seguida, de posse do aviamento com receituário agronômico, podem adquirir fungicidas na própria Cooperativa, permitindo combate eficaz do problema, evitando possíveis perdas.