Um dos motivos da Moratória que a COTRIJUI está implementando desde o último dia 27 de Setembro (sábado) resume-se a dívida que a então Direção da Cotrijui contraiu com o BNDES em 1991. A pendência venceu em 1994, sendo na época no valor de R$ 1.707,726,30. Como não houve pagamento na data estabelecida, ocorreu a Execução por parte do BNDES, cujo processo é de 1995. O valor atualizado chega a mais de 65 milhões de reais, conforme o Processo Judicial. Para tentar receber esse valor, o BNDES ingressou com pedido de leilão do Patrimônio da Cotrijui referente a Unidade de Chiapetta (armazéns, prédios, equipamentos, máquinas entre outros), além da Agroindústria Cooper (em Ijuí). O processo impetrado contra a Cotrijui e que não teve solução pela gestão do então Presidente Carlos Poletto é o de número 0024271-54.1995.4.02.5101, que tramita na Justiça Federal do Rio de Janeiro.
A atual gestão da Cooperativa, liderada pelo Presidente Fragoso, busca proteger o Patrimônio dos associados, bem como o emprego de centenas de pessoas. É importante ressaltar, que se tal dívida tivesse sido paga em 1994 seriam necessárias aproximadamente 170 mil sacas de soja, que seriam saldadas em 39 parcelas de em torno de - 4 mil sacas cada. Hoje, são necessários para pagar o BNDES aproximadamente “1 milhão e 700 mil sacas de soja”.