Em meados da década de 1950, a agricultura brasileira enfrentava grandes desafios, faltavam locais para armazenagem e principalmente incentivos para a produção. Preocupados com esta situação, um grupo de agricultores na região noroeste do Estado do RS passou a discutir meios de enfrentar as dificuldades, sendo a casa veterinária Elmers (Ijuí) utilizada muitas vezes para estes encontros.

Após vários encontros, discussões e reuniões, em uma tarde chuvosa numa das salas do Clube Ijuí, aos 20 dias de julho de 1957, realizou-se a assembléia histórica de fundação da então Cooperativa Tritícola Serrana Ltda. Seu objetivo inicial era de “congregar os plantadores de trigo da região, para promover a defesa de seus interesses econômicos (...), e superar as dificuldades de comercialização da safra de trigo que vem se avolumando de ano para ano” (Carta ao jornal Correio Serrano, de Ijuí, em 24/07/1957).

A chuva impediu que alguns agricultores comparecessem à reunião, mas não diminuiu o ânimo dos pioneiros e tampouco impediu a concretização da idéia. 32 são os nomes que integram as 23 primeiras matrículas do Livro de Matrículas nº1 da COTRIJUI, datadas em 20/07/1957. Estes são consideradas os pioneiros e, portanto, fundadores da COTRIJUI.

O ato teve o apoio do Governo Estadual e Federal, interessado em que os produtores se organizassem na produção do trigo, cultura que vinha sofrendo com a instabilidade climática que derrubava a sua produtividade naqueles anos. Assim nascia a então Cooperativa Tritícola Serrana LTDA, hoje denominada COTRIJUI - Cooperativa Agropecuária & Industrial.

Recém fundada, a Cooperativa já enfrentava seu primeiro desafio: equipar rapidamente sua infra-estrutura para receber a produção de seus associados, já que a fundação se deu quando as sementes de trigo já estavam plantadas.

A ata n° 1 do Conselho de Administração, do dia 24 de julho de 1957, deu garantia “que se receberá o trigo da safra que se aproxima, que sem isso a Cooperativa não poderá cumprir com suas finalidades”.

No dia 01 de setembro de 1957 a Cooperativa contratava a construção do seu primeiro armazem: um armazém metálico, com 2.400 m² de área coberta, à oeste da Viação Férrea em Ijuí. Com recursos provenientes da primeira integralização de capital e financiamentos conseguidos em bancos locais, levou-se à diante a construção do armazém da Cooperativa, que em 4 de dezembro de 1957 recebia suas primeiras cargas de trigo. Naquele ano ainda receberia 4.295 toneladas de trigo.

O fato da Cooperativa ter conquistado a infra-estrutura inicial em tempo hábil e atendido a demanda da safra, surtiu um efeito positivo e conquistou a confiança dos seus associados. Logo após a Fundação, a primeira sede da Cooperativa Tritícola Serrana funcionou em um prédio alugado, à Rua Tiradentes nº 404.

O quadro social da Cooperativa, que não ultrapassara 60 associados até o final de 1957, atingiria menos de 10 anos depois, em 1964, a casa dos 2.400 associados. Neste ano a Cooperativa passou a funcionar em sua primeira sede própria, situada na Rua José Hickembick s/n, onde hoje funciona a atual reitoria da UNIJUI.

Em 1972 a COTRIJUI iniciou a construção de sua nova sede, junto ao complexo industrial e de armazéns graneleiros. A mudança para o novo escritório foi feita no dia 03 de dezembro de 1975, e nesta estrutura funciona a sede da Cooperativa até os dias atuais. A expansão da COTRIJUI teve início em 1969, com a construção de um armazém graneleiro (projetado pela própria Cooperativa) na cidade de Santo Augusto.

Em dezembro do mesmo ano, a Assembléia Geral aprovou a construção de um terminal portuário em Rio Grande. O Terminal Graneleiro, que ficou pronto em 1972 e levou o nome do seu idealizador: Terminal Graneleiro Luiz Fogliatto, foi o impulsionador das exportações gaúchas de grãos na década de 1970, responsável pelo escoamento de 80% dos grãos produzidos no RS. Pertence atualmente ao Grupo CCGL.

Em 1970 foi a vez da cidade de Tenente Portela receber a COTRIJUI; em 1973, novas Unidades em Jóia, Coronel Bicaco e Chiapetta; em 1975 era a vez de Ajuricaba e Augusto Pestana

Em 1977 a incorporação das cooperativas Pedritense Agro-Pastoril de Dom Pedrito-RS, e Copermará de Maracajú-MS, alargam ainda mais as fronteiras da COTRIJUI e em 1979 eram criadas as Regionais Dom Pedrito e Mato Grosso do Sul, esta última desencorporada em 1993, após decisão da Assembléia Geral.

Em 2003, após assinatura de um acordo comercial com a CAAL e a Cooperativa Assisense, a COTRIJUI estendeu seus serviços na região da campanha, passando a atuar nas cidades de Manoel Viana e São Francisco de Assis. Em 2004 ambas são incorporadas, passando São Francisco de Assis a constituir a mais recente Unidade da COTRIJUI em 2007.

Atualmente esse complexo atende as demandas de mais de 19.200 cooperados e proporciona mais de 2.700 empregos diretos.

A COTRIJUI diversificou suas atividades, ampliando suas ações através da agro-industrialização, em especial na indústria de cereais, frigorífico, fábrica de rações e moinho, todas voltadas à agregação de valor no produto primário, buscando assim o melhor atendimento aos associados.

Administrada por um colégio de Conselheiros que representa todas as Unidades, integram a Diretoria Executiva da COTRIJUI para o período 2013/2017, os associados: Vanderlei Ribeiro Fragoso, Diretor Presidente; Paulo Dari Schossler, Diretor Vice Presidente; Ivan André Schowantz, Diretor Secretário.